Tiedesuhteiden ja -yhteistyön edistäminen Suomen ja lusohispaanisen maailman välillä on yksi Suomen Madridin-instituutin päätehtävistä. Instituutti osallistuu tiede- ja koulutushankkeisiin ja tekee yhteistyötä Suomen Akatemian, Helsingin yliopiston, Madridin Complutense-yliopiston sekä muiden eurooppalaisten ja latinalaisamerikkalaisten yliopistojen kanssa.

Se järjestää myös konferensseja, julkaisee tieteellistä julkaisusarjaa ja auttaa mahdollisuuksiensa mukaan suomalaisia tutkijoita ja opiskelijoita käytännön järjestelyissä.